Instrumento al servicio de la Monarquía Católica, el Santo Oficio de la Inquisición cobró un nuevo protagonismo al finalizarse el Concilio de Trento (1545-1563), Erigido en baluarte contra la penetracion del protestantismo en las posesiones españolas, prosiguio al mismo tiempo la represion de las manifestaciones tardias del islam y el judaismo peninsulares, en Sevilla en especial, donde estaban asentadas importantes comunidades de cristianos nuevos.