La historia sigue a la protagonista, Haruhi Suzumiya, y sus extrañas aventuras junto a su club escolar, la brigada SOS, que esta fundó para investigar sucesos misteriosos de todo tipo. Su grupo está compuesto por Kyon, quien ademas es el narrador de la serie; la silenciosa lectora de libros Yuki Nagato; la timida y sensual Mikuru Asahina; y el "misterioso" estudiante de intercambio Itsuki Koizumi. Con el transcurso de la serie, Kyon descubre que no es casualidad que ellos formen parte del club, y que podrian explicar las extrañas alteraciones de la realidad que suceden cada vez que Haruhi desea que algo pase.
Haruhi Suzumiya fundó la misteriosa Brigada SOS con el objetivo de interactuar con extraterrestres, viajeros del futuro y personas con poderes especiales, por lo que un acontecimiento tan trivial como el Festival Cultural de su instituto no puede menos que aburrirle. Intentar animar un poco el evento no tiene nada de malo, ¿pero por que se traduce en que nosotros tengamos que lmar una pelicula? Cada vez que Haruhi abre la boca para decir algo, la extraterrestre, la viajera del futuro y el chico con superpoderes pagan las consecuencias. ¡Debido a su increible popularidad, llega la segunda parte de la extraña comedia estudiantil galardonada con el premio Sneakers!
Cuando Haruhi Suzumiya no sabe qué hacer con su tiempo libre, significa que se va a montra un follón tan grande que pondrá al mundo patas para arriba. Pero eso que le hace brillar los ojos también la pone en situaciones complicadas. El presidente del consejo estudiantil se ha atrevido a decir que ni siquiera reconoce la existencia de la Brigada S.O.S. en sí. La inesperada aparición de un poderoso enemigo y el cambio de banda de Haruhi. Bajo las órdenes de la editora en jefe, los miembros de la Brigada S.O.S., se ponen a escribir obras literarias y demás como penitencia.