Munich, 1336. El oscuro pasado de Nemo está a punto de salir a la luz. Ha tenido que recurrir a varias indentidades para huir de él, pero ya no queda tiempo. La verdad va a ser desvelada y con ella su peligroso secreto: el legado de los cátaros. Los cátaros (llamados hombres perfectos o buenos) fundaron un movimiento religioso-cultural en el S X. Aspiraban a un nuevo orden social a partir del ascetismo y el desapego a lo material. Perseguidos por la Iglesia y la Inquisición, fueron aniquilados a principios del S XIV. Amiel de Ax, un cátaro que ha sobrevivido al acoso, se ha mudado a Munich para predicar las enseñanzas secretas. Tanto la Inquisición como Guillermo de Ockam, el célebre franciscano inglés que abogaba por la pobreza de la Iglesia, quieren destruirle. Nemo, nombre que ponían a los expósitos en la época y que significa "nadie", se encuentra atrapado entre esos dos frentes, en medio de la encarnizada lucha por el legado sagrado de los hombres perfectos.
En 1755 los jesuitas tratan de hacerse con las riendas de Portugal. Cuando un terremoto de proporciones bíblicas arrasa la ciudad, tratarán de aprovechar la catástrofe para predicar la ira de Dios. Pero tambien es la oportunidad de Antero Moreira de Mendonça para vengarse de la Orden y de su antiguo mentor, Gabriel Malagrida, ahora convertido en profeta del desastre.En su proposito espera contar con la ayuda de Leonor, pero Antero no sabe que Leonor pertenece a la comunidad de los jesuitas, y que su corazon se halla dividido entre el amor por Antero y la lealtad a la Orden.