Juan de Herrera había sido ayudante de Juan Bautista de Toledo, autor de la traza general del monasterio de San Lorenzo del Escorial, hasta el fallecimiento de éste en 1567. Herrera preparó los planos de la basilica, cambiando la disposicion diseñada por Toledo. Propicio el empleo de elementos auxiliares de la construccion que podian hacer la obra mas racional y economica. Diseño el conjunto de cubiertas empizarradas del edificio con los chapiteles de estilo flamenco que Felipe II quiso importar de Flandes.Impresionaron al monarca la gran habilidad y perfeccion con que manejaba Herrera los canones vitrubianos de la antiguedad en los diseños que hacia para la iglesia mayor de El Escorial, reflejo indudable de su preparacion arquitectonica de solida base filosofica.