El destino de Reika y Ayato está ligado al Rahxephon. Los Mu lanzan un ataque masivo y utiliza su última baza, el Rahxephon negro, la antítesis del robot que hasta ahora ha protegido a
Ayato ya lleva dos semanas en la isla de Nirai Kanai y ya ha aceptado ser piloto del Rahxephon, aunque sigue inquieto por las muchas pruebas a las que someten a Reika. De repente aparece una antigua novia suya que alerta no tan sólo a Reika, sino a otros miembros de Terra que sospechan de ella.
Ayato acaba de descubrir que su vida es una mentira... Ha estado viviendo en una ciudad virtual, pero acaba de despertar en el mundo real y ha sido elegido para pilotar al Rahxephon, un mecha gigante